Siden sin fødsel har Danmarks Kirker haft både et videnskabeligt og et formidlingsmæssigt formål. Som videnskabeligt opslagsværk leverer de enkelte hefter konkret viden om en kirke, og samtidig fungerer bogværket i sin helhed som en encyklopædi til gavn for de forskellige videnskaber, hvis forskningsfelter på den ene eller anden måde berører kirkerne og deres historie. Til støtte for det samlede overblik følger alle kirkebeskrivelser en nøje defineret struktur. Derudover er der som afslutning på de fleste amtsudgivelser udgivet omfattende registre. 

Samtidig har hefterne et bredere, formidlende sigte, idet de forsyner alle med interesse for dansk historie, kunst og kirkekultur med pålidelige beskrivelser. Derfor tilstræbes der i hefterne et letforståeligt sprog. Da særlige fagord imidlertid ikke kan undgås, er der udviklet en særlig fagordbog, som stadig revideres og forbedres. Den er trykt i første bind af hvert amt og kan naturligvis også findes på vores hjemmeside.

Den enkelte kirkebeskrivelse er i næsten alle tilfælde samlet i ét hefte, der derved fungerer som en lille bog. Heri kan enhver med interesse for kirkekultur, kunst eller historie finde oplysninger om netop den kirke, der interesserer dem. Det enkelte hefte er dog også tænkt ind i en større helhed, hvor de mange kirkebeskrivelser under et samler den tilgængelige viden om dansk kirkekultur og gør den tilgængelig for alle.

For at skabe overblik i det enorme materiale er alle kirkebeskrivelser opbygget på samme måde. Beskrivelserne rummer således altid en kort historisk introduktion. Herefter følger beskrivende kapitler om først bygningen og dens omgivelser. Siden behandles kalkmalerier, inventar, gravminder og udvalgte kirkegårdsmonumenter. Derudover følger hvert enkelt kapitel også et fast skema; f.eks. beskrives både bygning og inventar altid fra øst mod vest. 

Til yderligere støtte udgives en række hjælpemidler, der skal lette den tværgående læsning af bogværket. Disse omfatter en fagordbog samt navneregister, sagregister og et ikonografisk register. Samlet set sikrer den faste struktur og de nævnte hjælpemidler, at Danmarks Kirker fungerer som en encyklopædi over den materielle kirkekultur fra tidlig middelalder og frem til vores egen tid.